거래명세표 2박스 주문이요. 배송료 포함으로 보내버렸네요

일흥합성공업(주)로 입금 69,000원 했습니다.
배송료 3,000원까지 해버렸네요.. 전자세금계산서가..원래 66,000원만 발행되는건가요?  그럼 3,000원은 영수증 처리를 어떻게 해야하는걸까요? 제가 알아서 해야할까요?
전에 주문한적 있는데.. 기억이 아질 않네요~~ 밑에 보니 저같은 사람이 또 있네요~
배송료 선불처리 부탁드립니다. 
근데~주문할당시 그 창에서는 배송료 포함한 금액을 송금하라고 써있거든요.. 나중에 메일 온거는 안그런데. 그거 안보구 미리 입금을 했더니 그러네요.