세금계산서 관련 질문입니다.

좋은 소프트웨어를 공개적으로 쓸수 해주셔서 감사히 잘 쓰고 있습니다.
세금계산서 부분에서 궁금한부분이 있어서 질문드립니다.
1. 거래처별 거래장에 거래내역이 있는데도 세금계산서 항목으로 들어가서 거래한 기간을 설정해서 [조회]를 눌렀는데 어떤업체는 거래내역이 뜨는데 어떤업체는 거래내역이 안뜨는 상황입니다. 이상해서 질문드리는거구요..
2. 저희쪽 거래처들은 평상시에는 부가세없는 금액으로 거래를 일단 한후에 분기별 부가세액 신고할때에 그동안 거래했던것들을 모아서 세금계산서를 발행하며, 그때 세액을 다시 입금하는 형식으로 거래가 이루어 지는데요. 아이인리치 프로그램에서는 세액을 별도처리하거나 없음처리로 할수 밖에 없는건지요? 없음으로 처리했다가도 나중에 다시 별도처리로 일괄처리할수 있는 방법이 없는지 궁금합니다.